Prima di varcare la soglia, lo sguardo è attratto dalla decorazione che sovrasta il portale d’ingresso: si tratta della “Traditio symboli”, annuncio del tema globale di una sinfonia i cui motivi vengono poi sviluppati dalla ricca decorazione interna.
Il Cristo è qui rappresentato, in piedi, come fondatore e porta della Chiesa. Egli infatti sta affidando le chiavi, simbolo di autorità, a San Pietro e il libro della sua Parola, messaggio di salvezza, a San Paolo; i due Apostoli ricevono le loro insegne con le mani velate.
La figura di Cristo è rappresentata in parte pittoricamente, ad affresco, e in parte spazialmente dal vano porta, così da esprimere in modo forte quanto Egli afferma nel vangelo: “Io sono la porta” (Gv 10,7).
Delle scritte di fondo di tale scena, quella che, anche se a fatica, è possibile leggere sulla fascia intorno all’arco del portale dice che questa chiesa è dedicata ai SS. Pietro e Paolo, titolo più tardi abbreviatosi in quello solo di S. Pietro. La frase in latino, infatti, afferma: “Comanda a noi, liberati dal peso della colpa di entrare dalle porte della giustizia dedicate a Pietro e a Paolo”.
Oltre la porta ci accolgono due santi papi: sulla destra San Marcello e sulla sinistra San Gregorio Magno. Essi accolgono nella chiesa dei pellegrini come penitenti e lo possono fare in nome di Cristo, simbolicamente rappresentato dalla figura del pesce nell’acqua. Sopra la porta Abramo, padre delle genti, abbraccia l’intera umanità. Al di sopra, nella volta, la Gerusalemme Celeste è la meta finale, la terra promessa a cui deve tendere ogni fedele che si rivolge alla chiesa.
Agli angoli si leggono i nomi delle quattro virtù cardinali, mentre Cristo, al centro, ha ai suoi piedi l’Agnello, simbolo del sacrificio. Dai piedi dell’Agnello sgorga dell’acqua che si divide in quattro ruscelli. I ruscelli, nella volta successiva che ha al centro il monogramma greco di Cristo, diventano i quattro fiumi del Paradiso Terrestre: essi vengono versati da quattro personaggi che li rappresentano e scendono fino a noi lungo le colonne tortili decorate in stucco.
Sui parapetti posti fra le colonne due animali fantastici, il Grifo e la Chimera, simboli del male, fuggono atterriti dalla chiesa.
Sul lato settentrionale si trova la cappella dei Santi: nella volta si scorgono i simboli cristiani degli evangelisti, mentre nel catino dell’abside trilogie di Santi rappresentano profeti… apostoli… martiri… confessori… ed infine degli abati.
Al di sopra, Cristo, nel gesto benedicente e col libro della parola, è dipinto all’interno di una mandorla policroma sostenuta da due angeli.
Sul lato meridionale c’è la cappella degli Angeli: sette angeli con trombe d’argento, quattro nella volta e tre a contorno della monofora ricordano il settimo sigillo dell’Apocalisse ed il Giudizio Universale.
Sullo sfondo sono ora raffigurate le nove categorie angeliche, tra cui le due in alto, che reggono la mandorla col Cristo benedicente, sono i Cherubini ed i Serafini dalle sei ali disseminate di occhi, il corpo coperto di piume, ed ai piedi ruote di fuoco. Così sono descritti dal profeta Ezechiele.