La cripta si apre sotto l’abside orientale della chiesa ed è senza dubbio la parte più antica della costruzione. Vi si accede scendendo una scala posta lungo la parete nord dell’edificio e protetta dal parapetto lavorato in stucco. Di questa lavorazione si vedono ancora frammenti di cornice al suo inizio. Forse essa aveva una scala gemella e simmetrica sull’altro fianco della basilica. L’ambiente della cripta è suddiviso in tre navatelle con soffitti a crociera da due serie di colonne che, un tempo, erano completamente lavorate in stucco. La strettezza dell’ambiente, che facilitava il continuo addossarsi ad esse delle persone, e l’umidità presente, in mille anni hanno completamente distrutto la copertura delle stesse, lasciando scoperti i torsi delle colonne in serizzo ghiandone. Al di sopra di esse, restano frammenti dei capitelli in stucco rossastro lavorato a foglie e viticci in modo semplice. Anche per il resto della cripta era stata preferita la decorazione plastica. In effetti, questa era utilizzata soprattutto come cappella hiemalis o durante l’officiatura notturna cui i monaci dovevano ottemperare, dal momento che lo spazio esiguo, la minor dispersione del calore umano generato dai presenti e le caratteristiche tipiche di una cantina, più calda durante l’inverno, mitigavano meglio i rigori del freddo.
La decorazione delle pareti, purtroppo, ha subito per la maggior parte la sorte delle colonne. Rimangono tuttavia alcune decorazioni nella parte absidale. A sinistra dell’altare, appare ancora una porzione della scena della presentazione di Gesù al tempio. La profetessa Anna e Simeone accolgono il bambino con un drappo posto sulle mani. Al centro un cippo, che vuole ispirare l’idea di un altare ebraico, è la riproduzione di un’ara sacrificale romana. Sullo sfondo si mostra l’architettura del tempio nella sua interpretazione medioevale: tetto a capanna, monofore ed una lanterna sulla cuspide. Dietro l’altare si riconosce in basso la deesis occidentale, col Cristo in croce affiancato da S. Giovanni e la Madonna. Il racconto segue qui fedelmente l’interpretazione evangelica. Due piccoli soldati stanno inframmezzati ai personaggi maggiori: uno un tempo reggeva una lancia e l’altro una canna sulla cui cima una spugna inzuppata di vino e aceto era offerta al Cristo morente. Lo si intuisce dal secchiello che regge con la mano sinistra. La figura di Cristo è la più rovinata a causa di un incendio di candele avvenuto a fine ottocento e del continuo sfregare dei paramenti sacerdotali del celebrante. Sopra, nella lunetta separata da una semplice cornice a foglie, è presentata la Dormitio Virginis con l’Assunzione. La Madonna è stesa su un letto dormiente al centro della figurazione.
Tutt’attorno stanno gli Apostoli col Cristo distinto da un’aureola crociata, il libro della parola ed il gesto benedicente. Un baldacchino copre la parte sinistra della scena e su di esso è costruita la Città Celeste con estrema sinteticità, mentre a destra due angeli sorreggono su un piccolo drappo una testolina che viene portata in cielo. E’ la raffigurazione medioevale dell’Assunzione della Vergine. L’intera scena si stende fra due colonne quadrangolari su cui restano quasi intatti gli ornamenti floreali in stucco ed in cui si riconosce coerente l’influenza dell’arte carolingio-ottoniana.